Программное обеспечение

gmx dssp

gmx dssp — инструмент GROMACS для определения вторичной структуры белков с помощью алгоритма DSSP. Анализ основан на водородных связях и поддерживает разные режимы обработки атомов водорода. Позволяет эффективно отслеживать динамику элементов вторичной структуры в молекулярных симуляциях.

gmx hbond

gmx hbond — это высокоэффективный инструмент для анализа водородных связей в молекулярно-динамических симуляциях, интегрированный в пакет GROMACS. Благодаря расширенным возможностям вывода и оптимизированной реализации, gmx hbond позволяет подробно исследовать динамику и статистику водородных связей в сложных биомолекулярных системах.